Les océans sont responsables de plus de la moitié de la production d'oxygène de la planète grâce à l'activité de photosynthèse du plancton végétal marin. Responsables de la majorité de cette photosynthèse océanique, les protistes, des micro-organismes marins eucaryotes (avec un noyau), unicellulaires et parfois photosynthétiques. Ni bactérie, ni virus, ni plante, ni animal à proprement parler, les protistes présentent une grande plasticité tant anatomique que physiologique, et un métabolisme complexe.
Emiliania huxleyi est un protiste appartenant à la lignée des haptophytes. De par son extrême abondance, cette toute petite cellule planctonique forme une espèce emblématique du phytoplancton marin. Dotée de métabolismes fondamentaux variés (photosynthèse, calcification, etc.), elle est connue pour son micro-squelette calcaire qui rend l'océan blanc-laiteux et visible depuis l'espace, lorsque les cellules se multiplient en gigantesques efflorescences.
Pour décrypter le génome d'Emiliania, premier génome d'haptophyte séquencé, les scientifiques ont utilisé treize souches de cette espèce provenant de tous les océans qui ont ensuite été isolées dans différents laboratoires.
Première découverte, le génome d'Emiliania huxleyi est vingt fois plus petit que le génome humain: il est constitué de 141 millions de bases (le génome des diatomées a environ 24 millions de bases et le génome humain environ 3 200 millions). Mais, surprise, il contient au moins un tiers de gènes en plus que le génome humain. Le consortium international a mis en évidence la présence de plus de 30 000 gènes codant pour toutes sortes de protéines et de fonctions, dont plus de la moitié sont totalement inconnues dans les bases de données génétiques existantes.
D'autre part, les treize souches séquencées, que l'on croyait relativement proches, ne partagent en moyenne que 75% de leurs gènes: on pourrait parler de génome-coeur d'Emiliania. Ainsi, 25% des gènes ne sont présents que dans certaines souches: ce génome "permutable" est composé des gènes spécifiques à certaines souches. Cette configuration en "pan-génome" (avec un génome-coeur entouré d'un génome permutable) est typique des bactéries et des archées. La présence d'une telle proportion de gènes spécifiques à certaines souches est remarquable pour un organisme eucaryote sexué. Elle offre sans nul doute à Emiliania une flexibilité génomique et des capacités d'adaptation élevées.
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Info: 14 juin 2013
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