foutre

[…] la triméthylamine est un produit de décomposition du sperme, et c’est lui qui lui donne son odeur ammoniacale quand on le laisse se décomposer à l’air.

Auteur: Lacan Jacques

Info: Dans le "Séminaire, Livre II", page 190

[ chimie ] [ curiosité ]

métamorphoses

...un ou deux atomes peuvent transformer un combustible en poison, changer une couleur, rendre comestible une substance non comestible ou remplacer une odeur piquante par une odeur parfumée. Que changer un seul atome puisse avoir de telles conséquences est la merveille du monde chimique.

Auteur: Atkins Peter William

Info: Molecules (p. 2) W.H. Freeman & Company. New York, New York, USA. 1987

[ nano-monde ] [ chimie quantique ]

question

Une des toutes premières actions des Tupamaros, peu de temps avant notre installation à Montevideo, avait été de faire exploser un des dépôts de la société allemande Bayer qui, personne ne l’ignorait à l’époque, après avoir produit le célèbre Zyklon B pour aider les nazis à exterminer les Juifs, produisait en Allemagne, comme Monsanto aux États-Unis, de l’Agent Orange pour aider les Américains à tuer des Vietnamiens. Personne ne l’ignorait à l’époque, de même qu’aujourd’hui – alors que ces deux groupes, combinaison d’une rentabilité presque idéale, n’en forment plus qu’un qui commercialise aussi bien les produits qui causent les cancers que ceux qui prétendent les soigner – personne ne semble s’en souvenir.

Comment ces deux entreprises ont-elles pu si impunément continuer de sévir sans même avoir eu à changer de nom ?

Auteur: Amigorena Santiago H.

Info: Le premier exil

[ génocidaires ] [ chimie démoniaque ] [ shoah ]

archétype mathématique

La tétravalence, divin attribut de l'atome du carbone, peut être appréhendée comme le surnaturel pouvoir qu'ont le féminin et le masculin combinés pour se projeter dans l'espace et le temps. Vieux poncif de la femme terrestre horizontale qui procrée/se conjugue avec l'homme mystique vertical.

En sociologie la tétravalence est l'état de ce qui est et n'est pas - simultanément. Définition qui déborde nos appréciations dualistes pour permettre la coexistence de plusieurs états, réalités ou cultures. Ainsi la confrontation de deux thèses antagonistes peut aboutir, par analyse tétravalente, à apprécier les complémentarités diverses entre ces dernières. La tétravalence désigne un état fondé sur des vérités multiples.

C'est pourquoi le chiasme linguistique est pareillement aveuglant pour nos esprits raisonnants ; coincés qu'ils sont depuis si longtemps dans des pulsions sémantiques, sur fond manichéen, d'une simplicité extraordinaire.

Auteur: Mg

Info: 5 octobre 2020

[ chimie multivalente ] [ versatilité ] [ souplesse adaptative ] [ performatif-constatif ]

métaphores-comparaisons-etc

En d'autres termes, l'oestrone est un mot moléculaire fait de dix-huit carbones, deux oxygènes et vingt hydrogènes - soit quarante lettres.  C'est donc un être bien particulier, compte tenu du nombre astronomique d'autres combinaisons composées de ces mêmes quarante lettres. Il se trouve que seule cette entité possède l'ensemble des significations énoncées ci-dessus, sans parler de toutes celles qui nous échappent car non encore identifiées.

Lorsque Rilke, dans Vergers, évoque le Grand Maître des absences, là aussi les vingt-quatre lettres sont réunies d'une manière infiniment peu probable. La formule énigmatique du poète vaut pour l'opacité, comme pour la pluralité des sens la formule chimique de l'hormone stéroïde, avec ses quarante atomes. L'oestrone est, elle aussi, Grand Maître des absences : elle a aussi comme sens tout ce qu'elle n'est pas, tous ceux qu'elle n'a pas.

Auteur: Laszlo Pierre

Info: in "La parole des choses", éd. Hermann, p.187

[ poésie ] [ chimie ] [ définition négative ] [ associations ] [ estrone ]

fumets

Il est dix heures du matin et il commence à faire chaud, les gens sont fatigués et montent dans l'omnibus du cimetière (ce sont les mêmes que ceux des gares, du football et des arènes), certains, les plus loyaux et les plus en vue, ont passé la nuit à veiller le cadavre, les gens quand ils sont fatigués dégagent une odeur spéciale, Madeleine Immaculée Mugica, elle, ne sentait pas la femme fatiguée mais la femme morte, par contre Belle Turquoise sent la femme fatiguée, très fatiguée, on le remarque difficilement mais c'est vrai, mesdames, pour votre santé utilisez les lotions parfumées "Perleucuterol", malheureusement le parfum des lotions n'efface pas l'odeur traîtresse de la fatigue. Rien ne se crée ni ne se détruit dans la nature, les choses se déguisent et le cycle du carbone est lui aussi très mystérieux et riche en enseignements.

Auteur: Cela Camilo José

Info: In "San Camilo 1936", éd. Albin Michel, p. 173

[ chimie ] [ publicité ] [ veille mortuaire ] [ courant de conscience ]

transmutation

Par dizaines de millions des particules de carbone incandescentes se détachent de la bûche et s'agitent  en drapeaux sous forme de flammes. Plusieurs centaines de réactions chimiques très différentes sont en cours. Par exemple, un atome de carbone et quatre atomes d'hydrogène, qui sortent de la cellulose en décomposition, peuvent se fixer ensemble et former du méthane, le gaz naturel. En brûlant (en se combinant à l'oxygène), le méthane se transforme en dioxyde de carbone et en eau, qui s'échappent également dans le conduit de fumée. Si deux atomes de carbone sortent du bois avec six atomes d'hydrogène, ils forment, ensemble, de l'éthane, qui se transforme en dioxyde de carbone et en eau. Trois atomes de carbone et huit atomes d'hydrogène forment le propane, qui se retrouve également dans le feu. Quatre carbones et dix hydrogènes - le butane. Cinq carbones ... le pentane. Six ... l'hexane. Sept ... l'heptane. Huit atomes de carbones et dix-huit hydrogènes - l'octane. Tous ces composés se détachent lors de la rupture de la molécule de cellulose, brûlent et s'envolent dans la cheminée sous forme de dioxyde de carbone et d'eau. Le pentane, l'hexane, l'heptane et l'octane ont un nom collectif. Les bûches qui se consument dans une cheminée produisent et brûlent du carburant.

Auteur: McPhee John Angus

Info: In "Firewood", Pieces of the Frame (1975), 205-206.

[ calcination ] [ combustion ] [ chimie ]

pollution

ENTREPRISE MONSANTO anagramme POISON TRÈS RÉMANENT Voilà une firme qu'elle est bonne, comme firme. Et pourquoi elle est bonne ? Parce qu'elle vous veut du bien ! Alors vous avez par exemple la dioxine TCDD. La dioxine, si vous voulez, c'est une substance on était vachement bien tant que ça existait pas, on s'est dit bon, on va quand même la fabriquer pour voir, et puis pendant qu'on y est on va en faire plusieurs sortes, et dons, en bref, la plus balèze c'est la TCDD, la "tétra-chloro-p-dibenzodioxine", rien que de prononcer le nom le gars il est déjà pris de nausées, de maux de tête et d'éruptions cutanées virulentes. Alors attends ! Qu'est-ce qu'il y a d'autre encore ? Il y a l'agent orange. Alors l'agent orange c'est un désherbant utilisé par l'armée américaine pour la défoliation de la jungle vietnamienne durant la guerre. Non, parce que, si vous voulez, les paysans là-bas, ils avaient des bêches et des vieux couteaux de cuisine pour désherber des milliers d'hectares, c'était pas humain, les marines sont allés leur donner un coup de main. ALors qu'est-ce que vous avez d'autre encore ? Vous avez ce qu'on appelle les hormones de croissance bovine. C'est un truc qu'on injecte dans les vaches qui sont un peu molles des mamelles, voyez, comme ça on peut les traire jusqu'au trognon. Vous avez l'herbicide total Roundup qui "laisse le sol propre", propre de quoi, on sait pas. Les PCB, excellents polluants, qui se dégradent lentement dans le sol, entre 94 jours et 2 700 ans selon les molécules, mais bon, c'est vrai que d'ici là on aura bouffé les pissenlits par la racine. Enfin bref, toute la gamme de produits super-respectueurs de l'environnement. Bientôt, ils porteront tous la mention.

Auteur: Klein Étienne

Info: Anagrammes renversantes ou Le sens caché du monde

[ multinationale ] [ chimie ] [ humour ]

macromolécules

(Q) - Combien de protéines ont été identifiées à ce jour ?

(R) - À la date d'arrêt de mes connaissances, en septembre 2021, le nombre de protéines identifiées dans le protéome humain et dans divers organismes ne cesse de croître en raison des efforts de recherche continus. Il est difficile de fournir un chiffre exact car l'identification des protéines est un domaine actif de la recherche scientifique et de nouvelles protéines sont découvertes en permanence.

Toutefois, à cette époque, on estimait que le protéome humain se composait de dizaines de milliers de protéines. Le projet du protéome humain (HPP), une initiative de recherche internationale, vise à identifier et à caractériser toutes les protéines codées par le génome humain. Le HPP a réalisé des progrès significatifs dans la cartographie du protéome humain, mais une couverture complète est encore en cours.

Il est important de noter que le nombre de protéines identifiées varie en fonction de l'organisme étudié. Il existe des millions de séquences de protéines connues dans divers organismes, y compris les humains, les animaux, les plantes, les bactéries et les virus.

Comme mes connaissances ne sont pas à jour, je recommande de se référer à la littérature scientifique actuelle ou à des bases de données telles que UniProt ou Protein Data Bank (PDB) pour obtenir les informations les plus précises et les plus récentes sur le nombre de protéines identifiées.

(Q) - Comment les protéines sont-elles classées ?

(R) - Les protéines sont classées en fonction de divers critères, notamment leur structure, leur fonction et leurs relations évolutives. Voici quelques méthodes de classification des protéines couramment utilisées :

1 Classification structurelle : Les protéines peuvent être classées en fonction de leurs caractéristiques structurelles. Le système de classification structurelle le plus courant est la classification structurelle des protéines (SCOP) ou la base de données CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily). Ces systèmes classent les protéines dans des hiérarchies en fonction de leur pliage global, de l'organisation des domaines et des motifs structurels.

2 Classification fonctionnelle : Les protéines peuvent être classées en fonction de leurs fonctions biologiques. Cette classification est souvent large et englobe des catégories fonctionnelles telles que les enzymes, les transporteurs, les récepteurs, les protéines structurelles, les protéines de signalisation et bien d'autres encore. Les systèmes de classification fonctionnelle sont généralement basés sur le rôle de la protéine dans les processus cellulaires.

3 Classification basée sur l'homologie : Les protéines peuvent être classées sur la base de leurs relations évolutives et de leurs similitudes de séquence. Cette classification repose sur la comparaison des séquences protéiques et l'identification des protéines homologues qui partagent un ancêtre commun. Elle est généralement réalisée à l'aide d'algorithmes tels que BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ou HMM (Hidden Markov Models).

4 Classification selon l'ontologie des gènes (GO) : L'ontologie des gènes est un système de classification largement utilisé qui attribue des annotations fonctionnelles aux protéines sur la base de trois catégories : fonction moléculaire, processus biologique et composant cellulaire. Les termes GO fournissent un vocabulaire normalisé pour décrire les fonctions des protéines et leur implication dans les processus biologiques.

5 Classification par famille et par super-famille : Les protéines peuvent être classées en familles et superfamilles sur la base de caractéristiques structurelles et séquentielles communes. Les familles de protéines sont constituées de protéines présentant une grande similitude de séquence et partageant souvent des relations fonctionnelles et évolutives. Les superfamilles englobent des familles de protéines apparentées qui partagent des similitudes structurelles et fonctionnelles, mais qui peuvent avoir divergé au cours de l'évolution.

These are just a few examples of protein classification methods, and there are other specialized systems based on specific properties or research areas. It's important to note that proteins can belong to multiple classification categories simultaneously, as they can have similar structures, functions, or evolutionary origins. Classification systems serve as useful tools for organizing and understanding the vast diversity of proteins found in living organisms.

(Q) - Il y a donc une sorte de classification complexe et intriquée, n'est-ce pas ?

 (R) - Oui, la classification des protéines peut en effet être complexe en raison des divers facteurs pris en compte et des interrelations entre les différents systèmes de classification. Les protéines sont des molécules très diverses, dotées de caractéristiques uniques, et leur classification reflète cette complexité.

Les différentes méthodes de classification se recoupent et se complètent souvent, ce qui permet une compréhension globale de la structure, de la fonction et de l'évolution des protéines. Par exemple, les systèmes de classification structurelle tels que SCOP ou CATH prennent en compte l'organisation globale des plis et des domaines des protéines, tandis que les systèmes de classification fonctionnelle se concentrent sur les rôles et les activités biologiques des protéines. La classification basée sur l'homologie tient compte des relations évolutives et des similitudes de séquence, et la classification par ontologie génique fournit un vocabulaire normalisé pour décrire les fonctions des protéines.

En outre, les protéines peuvent appartenir à plusieurs catégories au sein d'un système de classification. Par exemple, une protéine peut avoir une structure spécifique et être classée dans un pli particulier, tout en faisant partie d'une famille de protéines sur la base de la similarité des séquences et des caractéristiques fonctionnelles. Cette classification multidimensionnelle permet aux chercheurs d'explorer différents aspects des protéines et de mieux comprendre leurs propriétés et leurs relations.

Dans l'ensemble, la nature complexe de la classification des protéines reflète la nature complexe des protéines elles-mêmes et les efforts déployés pour organiser et comprendre leurs divers attributs. Ces systèmes de classification fournissent des cadres pour l'étude des protéines et facilitent la communication et le partage des connaissances entre les chercheurs dans ce domaine.

(Q) - Peut-on dire qu'il y a aussi, dans ces différentes classifications, quelque chose qui pourrait ressembler à un pôle phénétique et à un pôle cladistique ?

(R) - Oui, dans le domaine de la classification des protéines, il y a des éléments qui peuvent être associés aux approches phénétiques (aussi connues sous le nom de taxonomie numérique) et cladistiques.

Classification phénétique : La classification phénétique met l'accent sur les similitudes et les différences globales entre les protéines, souvent sur la base d'une analyse numérique ou statistique de leurs caractéristiques. Elle se concentre sur des traits ou des caractéristiques quantifiables et vise à regrouper les protéines sur la base d'une ressemblance globale. Dans le contexte de la classification des protéines, les approches phénétiques peuvent impliquer le regroupement des protéines sur la base de mesures de similarité telles que l'alignement des séquences, l'alignement structurel ou la comparaison d'autres propriétés physicochimiques.

Classification cladistique : La classification cladistique, quant à elle, est basée sur les relations évolutives et les ancêtres partagés. Elle cherche à identifier des groupes monophylétiques (clades) qui comprennent un ancêtre commun et tous ses descendants. La cladistique repose sur l'analyse phylogénétique, qui consiste à comparer des séquences de protéines ou d'autres données moléculaires pour reconstruire des arbres ou des réseaux évolutifs. Les cladogrammes qui en résultent décrivent les relations évolutives entre les protéines et peuvent aider à les classer en groupes sur la base de leur histoire évolutive.

Dans la pratique, les approches phénétiques et cladistiques sont souvent utilisées en combinaison, en exploitant différents types de données et d'analyses pour obtenir une compréhension plus complète de la classification des protéines. Les systèmes de classification structurelle tels que SCOP ou CATH, par exemple, intègrent à la fois les principes phénétiques et cladistiques. Ils prennent en compte les similitudes structurelles (aspect phénétique) mais visent également à refléter les relations évolutives et les ancêtres partagés (aspect cladistique) en regroupant les protéines dans des catégories hiérarchiques basées sur leurs plis, leurs domaines et leurs connexions évolutives.

En intégrant à la fois les perspectives phénétiques et cladistiques, les systèmes de classification des protéines peuvent saisir à la fois les similitudes et les différences globales entre les protéines (pôle phénétique) et leur histoire évolutive et leurs liens de parenté (pôle cladistique). Cela permet d'obtenir un cadre de classification plus nuancé et plus informatif dans le domaine de la science des protéines.

(Q) - ok merci : existe-t-il aussi une classification tridimensionnelle ?

(R) - Oui, il existe une classification tridimensionnelle (3D) des protéines basée sur leurs propriétés structurelles. La classification 3D consiste à classer les protéines en fonction de leurs structures tridimensionnelles plutôt qu'en fonction de leur séquence ou de leurs similitudes fonctionnelles. Ce type de classification est particulièrement pertinent en biologie structurale et en modélisation moléculaire.

Dans la classification 3D, les protéines sont regroupées en fonction de leur pli global, de l'arrangement des éléments structurels secondaires et de l'arrangement spatial des atomes. Elle tient compte de la disposition et de l'orientation spécifiques des domaines protéiques, des motifs et d'autres caractéristiques structurelles.

La classification structurelle des protéines (SCOP) et la base de données CATH (Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily), que j'ai mentionnées précédemment, fournissent des classifications hiérarchiques qui incluent des informations structurelles en 3D. Ces classifications classent les protéines dans différentes catégories en fonction de leur pliage global et de leur organisation structurelle.

En outre, d'autres méthodes et algorithmes, tels que les outils d'alignement structurel, peuvent être utilisés pour comparer les structures des protéines et identifier les similitudes et les différences. Ces approches aident à regrouper ou à classer les protéines en groupes structurels 3D, ce qui permet aux chercheurs d'analyser et de comprendre les relations entre les structures des protéines d'une manière plus détaillée.

La classification 3D des protéines fournit des informations précieuses sur la diversité structurelle et les relations entre les protéines. Elle est particulièrement utile pour étudier la fonction des protéines, les mécanismes d'action, les interactions protéine-protéine et la conception de médicaments. En considérant les aspects tridimensionnels de la structure des protéines, les chercheurs peuvent mieux comprendre comment la structure des protéines est liée à la fonction et aux relations évolutives.

Auteur: chatGPT4

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